Berdasarkan Visi dan Misi Fakultas Agama Isalam Universitas  Muhammadiyah Bengkulu, dirumuskan tujuan yang secara operasional akan dicapai melalui kegiatan-kegiatan caturdharma perguruan tinggi.
Secara terinci tujuan yang akan dicapai diuraikan sebagai berikut:
- Meningkatkan keunggulan program studi.
- Meningkatkan citra dan mutu pelayanan pendidikan yang memuaskan terhadap stakeholder internal dan eksternal sesuai dengan standar nasional pelayanan pendidikan.
- Meningkatkan pelayanan terhadap stakeholder internal dan eksternal sesuai dengan standar minimum pelayanan pendidikan.
- Mengembangkan program studi baru yang inovatif yang betul-betul dibutuhkan oleh stakeholder eksternal.
- Mengembangkan dan meningkatkan kerjasama untuk pengembangan usaha dengan stakeholder.
- Meningkatkan proses pembelajaran yang bermutu dan berdaya saing untuk mendukung teaching Faculty.
- Meningkatkan kualitas dan kuantitas dosen yang bergelar doktor dan guru besar.
- Menerapkan Sistem Manajemen Kinerja Balance Scorecard danstandarisasi ISO 9001-2000 sebagai alat penjaminan mutu internal
- Mewujudkan proses pengembangan penelitian melalui pemanfaatan peluang kompetisi terbuka dan publikatif.